Lo primero y más transformador para las instituciones es que la Acreditación pasa desde un sistema voluntario a uno obligatorio para todas las instituciones de educación superior. Para el Estado, es que la calidad en educación superior se organiza en función de un Sistema de Aseguramiento con órganos y funciones diferenciadas, integrado por el Ministerio de Educación, a través de la Subsecretaría de Educación Superior, el Consejo Nacional de Educación, la Comisión Nacional de Acreditación y la Superintendencia de Educación Superior.
Las instituciones no acreditadas no pueden impartir nuevas carreras, programas, abrir sedes, aumentar vacantes e, incluso, podrían cerrar, al contrario de lo que ocurría antes de la Ley, en que podían funcionar sin limitaciones salvo en el acceso a algunos financiamientos.